O Ministério Público de Contas é instituição secular, que remonta à própria origem dos Tribunais de Contas do Brasil.

Já por ocasião da criação do Tribunal de Contas da União, nos albores da República, por meio do conhecido Decreto nº 966-A, de 07 de novembro de 1890, de inspiração do ilustre jurista Ruy Barbosa, havia a previsão de um representante do Ministério Público na composição da Corte, inclusive, àquela altura, com direito a voto, conforme dispunha o artigo 19 do Decreto nº 1166, de 17 de outubro de 1892.

A Constituição de 1988, artigo 130, atribuiu ao Ministério Público de Contas os mesmos direitos, vedações e forma de investidura aplicáveis ao Ministério Público comum, aqui incluídos os princípios institucionais da unidade, indivisibilidade e independência funcional, previstos no artigo 127, § 1º, da Carta da República.

Trata-se, portanto, de ramo especializado do Ministério Público, com atuação nos Tribunais de Contas dos Municípios e Estados Brasileiros, o que indica sua vocação para a seara da fiscalização contábil, financeira, orçamentária e patrimonial da Administração Direta e Indireta.

A Lei Complementar Estadual 28/2006 alterou a Lei Complementar de 06/91 (Lei Orgânica do TCM/BA), criando o Ministério Público de Contas junto ao Tribunal de Contas dos Municípios da Bahia.

Em 14 de Abril de 2011, através da Lei 12.207, sancionada pelo Governador à época, foi criado 03 cargos de Procurador de Contas, além dos cargos para assessoramento dos Procuradores.

Foram nomeados para o cargo de Procurador de Contas em 04/10/12 consecutivamente Dra. Aline Rego, Dra. Camila Vasquez e Dr. Guilherme Macedo.

Através da Lei 13.205/14, em 26 de Janeiro de 2015, foi criada a 4ª vaga de Procurador. O Dr. André Bastos Vaccarezza foi nomeado em: 13/01/15. Dr. André Bastos ficou no cargo pelo período de 11 meses, retornando ao cargo de Procurador do Município do Salvador.

Em 11/02/16, O Presidente do TCM/BA, Dr. Francisco Netto, nomeou Dr. Danilo Diamantino, completando novamente o quadro com 04 Procuradores de Contas.

Desde sua implantação, o Órgão Ministerial tem atuado com plena autonomia e independência funcionais, exercendo o papel de fiscal da lei na defesa da ordem jurídica, auxiliando a sociedade baiana no combate à corrupção e à má gestão dos recursos públicos municipais.